病菌分生孢子盘圆盘形，生于寄主角质层或表皮下，其上通常有刚毛，刚毛褐色至暗褐色，光滑，由基部向顶端渐尖，具分隔。分生孢子生于线形的分生孢子梗上，分生孢子梭形、椭圆形或圆柱形，略弯曲，单胞，透明，无色。

炭疽病可为害芍药的茎、叶、叶柄、芽鳞和花瓣等部位。对幼嫩的组织为害最大。茎部被侵染后，初期出现浅红褐色、长圆形、略下陷的小斑，后扩大呈不规则形大斑，中央略呈浅灰色，边缘为浅红褐色，病茎歪扭弯曲，严重时会引起折伏。幼茎被侵染后能快速枯萎死亡。叶片受侵染时，沿叶脉和脉间产生小而圆的小斑，颜色与茎上病斑相同，数日后扩大成不规则形黑褐色大病斑，后期病斑可形成穿孔。幼叶受害后皱缩卷曲。芽鳞和花瓣受害常发生芽枯和畸形花。遇潮湿天气，病部表面便出现粉红色略带粘性的分生孢子堆，为病菌分生孢子和胶质的混合物。